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RRBS

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RRBS簡化甲基化測序

產品描述信息

        Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) 是一種準確、高效、經濟的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動子及CpG島區域,并進行Bisulfite測序,同時實現DNA甲基化狀態檢測的高分辨率和測序數據的高利用率。
     DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點,與基因表達、表型性狀息息相關。RRBS作為一種高性價比的甲基化研究方法,在大規模臨床樣本的研究中具有廣泛的應用前景。利用RRBS可以實現多個樣本的比對基因組分析。 

產品詳細信息

       通過酶切、富集啟動子(promoter)及CpG島區域的DNA片段,進行重亞硫酸鹽測序,以同時實現DNA甲基化狀態檢測的高分辨率和測序數據的高利用率。

1、精確度高:在其覆蓋范圍內可達到單堿基分辨率;

2、重復性好:多樣本的覆蓋區域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;

3、檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內超過5百萬個CpG位點;

4、性價比高:測序區域更有針對性,數據利用率更高。

1、樣品類型:基因組DNA

2、樣品濃度:≥100ng/µl

3、樣品總量:≥10ug

4、純度:OD260/280 = 1.8~2.0

5、樣品完整性:DNA無明顯降解與蛋白污染,需提供凝膠電泳檢測膠圖;

6、適用物種:人、大鼠和小鼠。

   

Genome Research:簡化甲基化測序揭示不同人類細胞與組織中動態的DNA甲基化現象

       82個人類細胞系和組織樣本(分別為腫瘤細胞系、正常組織、原代細胞系(primary cell lines)和血液白細胞)進行了RRBS測序,分析結果顯示:每個樣本中,有5%-15%CpGs完全甲基化了PM≧90),65%-80%CpGs沒有甲基化(PM≦10)。通過對不同類型樣本中檢測到的CpGs進行分類和統計,發現在細胞系和正常組織中,只有4%27053個)的CpGs沒有甲基化( PM≦10 ),而且這些CpGs均位于管家基因(housekeeping genes)的轉錄起始位點附近;剩余的670000CpGs表現出了不同程度的甲基化。通過對不同類型細胞進行單堿基精度甲基化水平的研究,分別構建了不同類型細胞基于差異甲基化表達所產生的表觀遺傳水平變化模型。

圖1 甲基化聚類程序分析結果

圖2 啟動子NANOG甲基化

[1] Katherine E. Varley, Jason Gertz, Kevin M. Bowling , et al. Dynamic DNA methylation across diverse human cell lines and tissues. Genome Research, January 2013.

[2]Wang L, Sun J, Wu H, et al. Systematic assessment of reduced representation bisulfate sequencing to human blood sample: A promising method for large-sample epigenomic studies. J Biotechnol. 2012, 157(1):1-6.

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