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客戶發表文章簡介--基因組領域
作者: 來源: 發布于:2017-6-12 13:30:50 點擊量:

 1. 半面顏面短小畸形多個易感位點的GWAS分析(參與反轉錄部分實驗內容)

Zhang Y B, Hu J, Zhang J, et al. Genome-wide association study identifies multiple susceptibility loci for craniofacial microsomia[J]. Nature communications, 2016, 7.

半面顏面短小畸形是僅次于唇腭裂的第二大顱面部先天缺陷,給患者帶來沉重的經濟和精神負擔,也給我國的醫療衛生事業帶來很大的壓力。中國醫學科學院整形外科醫院(八大處整形醫院)著名耳廓再造專家章慶國教授與中國科學院北京基因組研究所張永彪博士共同合作,對近5年來收治的半側顏面短小畸形病人中入選的1400多個病例和2000多例健康人樣本進行全基因組檢測和篩查,最終找到了12個該疾病的風險基因。該研究成果可為該病的遺傳診斷、早期預防以及我國的優生優育提供可靠的研究基礎和遺傳學保障。 

 

2. 棗椰樹葉綠體全基因組序列分析(合作發表)

Yang M, Zhang X, Liu G, et al. The complete chloroplast genome sequence of date palm (Phoenix dactylifera L.)[J]. PloS one, 2010, 5(9): e12762.

棗椰樹是中東和北非地區一種重要的經濟作物,有大面積栽培,尤以伊拉克為多,占世界的1/3。其果實可供食用,樹身亦具經濟價值。研究人員以棗椰樹栽培種Khalas成年植株的新鮮葉片為材料,利用高通量測序技術獲得了全基因組序列,從中提取出葉綠體基因組序列并進行de novo組裝,使用一代測序輔助組裝,并比較分析了品種內的葉綠體多態性。棗椰樹葉綠體基因組大小158,462 bp,有多數被子植物葉綠體結構典型的四部分結構:LSC(86,198 bp),SSC(17,712 bp)以及一對IRs(27,276 bp)。在IR區域有112個特異基因和19個重復片段。我們鑒定了78個 SNPs作為群體內特異葉綠體基因組的主要品種內多態性,這些SNP位點大多位于具有重要功能的基因內。高通量測序技術為鑒定不同栽培材料間葉綠體基因組的品種內變異提供了技術支持。

   

3. 南方紅豆杉葉綠體全基因組序列分析:一個IR區域的缺失以及與近緣種的比較分析(合作發表)

Zhang Y, Ma J, Yang B, et al. The complete chloroplast genome sequence of Taxus chinensis var. mairei (Taxaceae): loss of an inverted repeat region and comparative analysis with related species[J]. Gene, 2014, 540(2): 201-209.

南方紅豆杉是中國亞熱帶至暖溫帶特有成分之一,在闊葉林中常有分布。南方紅豆杉是紫杉醇的來源之一,在最近十年里,它是很有價值的抗腫瘤化療藥物。研究人員以南方紅豆杉植株的新鮮葉片為材料,利用高通量測序技術獲得了全基因組序列,從中提取出葉綠體基因組序列并進行de novo組裝,使用一代測序輔助組裝,并比較分析了與近緣種葉綠體基因組一般特征的差異。南方紅豆杉葉綠體基因組大小129,513 bp,有113個單拷貝基因(其中9個有內含子)和2個重復基因(trnI-CAU、trnQ-UUG)。在其他陸地植物的葉綠體基因組中,包括被子植物、蕨類植物、地錢、裸子植物,比如蘇鐵和銀杏,均有一對IRs區域,但南方紅豆杉的葉綠體基因組缺失了其中的一個。與近緣種相比,南方紅豆杉有約110 kb的大倒位,包括91個基因(從rps18到accD)。檢測到了22個SSR位點,這些位點幾乎全部由A或T組成。

   

4.無患子葉綠體全基因組序列分析(合作發表)

Yang B, Li M, Ma J, et al. The complete chloroplast genome sequence of Sapindus mukorossi[J]. Mitochondrial DNA Part A, 2016, 27(3): 1825-1826.

無患子具有重要的藥用價值,本研究對無患子植物的葉綠體全基因組序列進行了解析。研究人員以無患子新鮮葉片為材料,使用高通量測序技術對葉綠體基因組進行了de novo組裝和注釋。無患子葉綠體基因組大小160,481 bp,GC含量37.7%。IRs長度為27,979 bp,SSC長度為18,873 bp,LSC的是85,650 bp。 此外,包含78個編碼基因,30個tRNA genes,4個rRNA genes,其中6個基因包括一個或兩個內含子。

 

5. 樺榛葉綠體全基因組測序分析(合作發表)

Hu G, Cheng L, Lan Y, et al. The complete chloroplast genome sequence of Corylus chinensis Franch[J]. Conservation Genetics Resources, 2016: 1-3.

樺榛是一種具有較高經濟價值的植物,果實營養豐富可食用,木材可作為建筑家具用材。樺榛在我國屬于漸危種,資源銳減。目前對樺榛的研究也較為少見。研究人員以一個樺榛單株的新鮮葉片為材料,使用高通量測序技術進行了葉綠體基因組測序,得到了其葉綠體全基因組,為以后的相關研究打下了基礎。葉綠體基因組組裝后,長度為159.9 kb,IRa和IRb區域長26,989 bp。對編碼基因的分析發現樺榛葉綠體上共有95個蛋白編碼基因,其中11個包含有內含子,還有8個rRNA基因、29個tRNA基因。選取了殼斗目中的樺木科等11種植物的葉綠體基因組進行了比較分析,系統進化分析表明樺榛與。。的親緣關系較近。

   

6. 首次榆屬植物葉綠體全基因組denovo測序分析:基因組比較分析與分類地位分析(合作發表)

Zuo L H, Shang A Q, Zhang S, et al. The first complete chloroplast genome sequences of Ulmus species by de novo sequencing: Genome comparative and taxonomic position analysis[J]. PloS one, 2017, 12(2): e0171264.

榆樹為榆科落葉喬木,具有良好的生長習性,適應性強,在工業上有廣泛用途,也是重要的園林用樹。葉綠體作為植物細胞器的重要組成部分和光合作用的器官,葉綠體轉化技術在遺傳改良、生物制劑的生產等方面顯示出巨大潛力,而葉綠體基因組結構和序列分析則是葉綠體轉化的基石。研究人員以榆屬的5個地方和野生材料(榆樹、裂葉榆、黑榆、春榆、大果榆)的葉片組織為材料,使用高通量測序技術對榆屬植物的葉綠體基因組進行了解析。榆屬5份材料葉綠體基因組大小在158,953bp至159,453bp,其中最大的是春榆,最小的是裂葉榆。LSC的變異較大(87,633bp至88,547bp),其中最長的是大果榆,然后依次是春榆、榆樹、裂葉榆、黑榆,榆屬的不同物種的葉綠體基因組大小在進化中由于自然選擇的作用發生了變化。榆屬5份材料與其近緣植物桑科和模式植物(煙草、擬南芥、楊樹)的共線性分析顯示,它們的葉綠體基因組基因順序與其他物種具有高度保守性,其中,榆科與桑科植物的基因組同源性最高。榆屬5份材料的比較分析結果顯示,黑榆與其他4個物種相比丟失了trnH基因,而裂葉榆丟失了ndhC基因。春榆有8個基因發生了基因內變異,黑榆和大果榆分別有6個基因發生了變異,裂葉榆有7個基因發生了變異,其中rpoC1基因具有最多的變異位點。該研究是榆屬葉綠體基因組的首次報道,對進一步研究光合作用、進化和葉綠體轉基因工程具有重要意義。



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